疾病是造成目前仔猪下痢问题的最根本原因，如大肠杆菌、梭菌、沙门氏菌、轮状病毒、猪瘟病毒、流感病毒、传染性胃肠炎病毒(TGE)，皆是常见的病原。适当的用药，加强消毒及管理、母猪实施预防注射，仔猪补充电解质及维生素，都是有效的防治方式。
分娩舍内特别是刚出生的仔猪，分娩舍内绝不可有贼风，否则仔猪一旦受寒，下痢的情形便马上出现，因此一些挡风的设施对仔猪而言是必需的。
仔猪对冷相当敏感，因此保温更显得重要，室内温度是否足够，保温灯是否放对地方，地板的型式及是否使用垫褥，都会直接影响保温的效果。
日夜的温差太大，也会造成仔猪下痢，舍内温差应别超过2℃，小猪的保温休息区，应别超过l℃。
母猪一旦缺乳或有炎发生，则仔猪因无法采食足量得母乳而饥饿寒冷，往往会增加病原菌感染小猪的机会造成下痢。
仔猪在出生后6小时内一定要吃到足量的初乳，以获得足够抗体的保护，同时初乳中含有高量的乳脂，可提供小猪能量所需。
弱小仔猪的竞争力比其他正常仔猪要来得差，因此必须更加费心照顾，使其能采食足量的母乳或代母乳以增强体力，并减少应激。否则一旦弱小仔猪下痢生病，对同窝的其它健康仔猪而言，它就是一个病菌的带原传播者。
仔猪从出生至哺乳期间，一定要进行铁剂注射、剪齿、剪脐带、等动作，对仔猪而言，这虽是必要的工作但却又会增加应激，因此细心的照顾，避免仔猪受到病原侵袭是减少下痢的重要关键。
一只下痢生病的仔猪，很容易由操作人员的手，靴子或注射针头将病原传染给健康的仔猪，因此凡是使用过的器材设备，一定要经过适当的清洗和消毒，才能再做下一次的使用。操作时切记要先处理健康的仔猪再处理下痢的仔猪。
利用疫苗在母猪分娩前2?4周进行注射，使母猪产生抗体，再经由初乳传给仔猪，提高仔猪的抵抗能力，可有实际效果的减少下痢的发生。
分娩床常是病原残留滋生的地方，特别是前一次使用时仔猪有下痢的情形发生时，在下一批母猪进入分娩舍前，必须更加做好清洁和消毒的工作，否则仔猪下痢的困扰将永远持续不断的发生。
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